传统根管消毒药物如甲醛甲酚、樟脑酚等有较强的细胞毒性，对根尖周组织有刺激性，并有可能成为致敏源使机体致敏。
通过研究氢氧化钙和甲醛甲酚根管封药效果表明 ：氢氧化钙组67.7%一次封药后即可行根管充填，甲醛甲酚组为40%。氢氧化钙组治疗期间未产生疼痛，甲醛甲酚组有8.3%疼痛。平均封药次数氢氧化钙组1.38次，甲醛甲酚组1.76次，细菌培养结果与此呈正相关。
Stuart等人的细菌学研究发现，氢氧化钙对感染根管内常见致病菌的抗菌性显著高于甲醛甲酚 。游古莲等研究表明 ：氢氧化钙用于感染根管治疗时的根管封药，具有良好的杀菌作用，对根管渗液、叩痛、瘘管病例的有效率明显高于甲醛甲酚组，并且无甲醛甲酚的组织刺激性，提示氢氧化钙是一种理想的根管消毒药物。

近年来氢氧化钙作为一种根管内封药，在多种牙髓及根尖周病的治疗中得以广泛应用。氢氧化钙具有抗菌性、灭活内毒素、牙本质壁的渗透作用、诱导硬组织形成等特性。

它在杀灭微生物和减轻两次约诊间的症状以及减低对根尖组织的毒性等方面表现出更优良的效果。氢氧化钙具有强碱性，对细菌的细胞膜和蛋白质结构产生破坏，导致对细菌的杀伤作用，能有效杀灭感染根管内的所有微生物 。

氢碱性可使蛋白质变性水解，故能溶解根管内坏死组织，有利于清洁根管。氢氧化钙能够中和炎症所产生的酸性物质，从而减少根管治疗期间急症（IAE）的发生，具有收敛性，对于消除炎症渗出及减轻疼痛有良好的效果 。
氢氧化钙有高效抗厌氧菌作用，对某些需氧菌有抑制作用，对能引起严重症状的细菌如产黑色素类杆菌和牙龈类杆菌有高效快速的抗菌功能，对引起根管治疗疗程迁延的放线菌有杀菌功能 。
氢氧化钙对根尖周组织无刺激作用，并能使根尖部吸收区出现新的牙骨质及衬以成骨细胞的新骨。氢氧化钙抗菌效能取决于其氢氧根离子的浓度 ，氢氧化钙通过水解细菌脂多糖的脂肪部分而游离羟基脂肪酸释放，而细菌脂多糖在骨吸收过程中起重要作用，脂多糖是细菌细胞壁的组成部分，遗留于根管中的脂多糖微小浓度就能对宿主细胞有明显损害 。氢氧化钙可以通过破坏脂多糖而达到破坏细菌细胞壁，起到杀菌作用。 
操作方法：
1.把调好的氢氧化钙粉和液适当加些碘仿调匀，放入髓腔用螺旋充填器送入根管内即可，复诊时用生理盐水冲洗即可取出。
2.氢氧化钙粉剂+甘油调成糊剂（呈丝状最佳)放置注射器内备用，要密封。放入髓腔用螺旋充填器，加入甘油后导入根管时比较方便，另外可以直接用棉球或棉捻盐水湿润后蘸一点氢氧化钙封入根管或者髓腔。 
3.可以用氢氧化钙干粉+生理盐水调，要调匀，不要有过大的颗粒，别调的太稀或者过稠，这种调出来的氢氧化钙不容易粘器械，向根管内放置比较不容易。 
至于封药时间,一般认为几个月都没问题,但有资料认为因氢氧化钙有溶解蛋白作用,在溶解细菌及其产物的同时也能溶解牙本质,这也是封药过久容易导致根折的原因,因此封药时间最好在几周内,个人在临床上的经验是根尖周炎的封2周左右较好,其他一周左右,尽量放到根尖,在髓室里放一个干棉球无非是为了下次复诊时方便去除暂封物，炎症重的可加一些碘仿。