根管消毒剂常用的根管消毒药包括酚类、醛类、碘制剂、氯制剂和抗生素类。感染根管经过机械方法处理后，其根臂侧壁牙本质深部，侧支根管和根尖周围等处，仍然有细菌等病原刺激物，用此类药物进行根管消毒，可提供一个不适于细菌生长的根管环境。
理想的根管消毒药应是能快速地消除和破坏根管内的细菌．不易产生耐药性，对多种细菌有效；能中和或破坏根管内的毒性物质；能在血液、浆液、脓液或其他有机物中保持有效浓度，药效维持时间长，对活体组织无毒性作用，不危害宿主组织的生理功能．能有效地渗透到根管、牙本质小管、侧支根管内和根尖周组织．不刺激根尖周组织；较稳定，便于贮存；不着色牙齿；不干扰细菌的培养过程。
目前没有一种根管消毒药能完全符合上述所有条件，几乎均具有原生质毒，即引起活细胞结构破坏或功能损伤，这种毒性对宿主细胞和细菌细胞是非选择性的，如果使用不当，可能造成严重的根尖周组织损伤，影响愈合。
甲醛甲酚溶液中甲醛具有凝固蛋白的作用，渗透性强，作用缓慢，可与腐败蛋白质的各种中间产物和最终产物结合成无毒物质；甲酚具有镇痛、腐蚀作用，可与腐败脂肪的产物结合成肥皂，具有除臭和杀菌的作用；甲醛甲酚( FC)较两者单独使用时的渗透性强、作用更强
樟脑氯酚薄荷合剂中对位氯酚有氯和酚的杀菌作用，但刺激性较大，加入樟脑研磨，即成液体，刺激性较小，而且应用也较方便；薄荷脑除有镇痛作用外，又可使樟脑氯酚不致沉淀，并使此合剂有一定黏稠度；樟脑氯酚薄荷的杀菌力强，不凝固蛋白质，对根尖周组织有轻度刺激；对位氯酚的不同浓度具有不同的抗菌效果和毒性，1%浓度对根管内常见的微生物有抗菌效果，只有极轻度的炎症反应，而一般牙髓治疗所用的35%浓度，毒性较强．可致结缔组织坏死．2%的对位氯酚水溶液渗入牙本质小管的深度比樟脑氯酚合剂大5倍。
氯胺T与水作用生成次氯酸，放出活性氯而杀菌。由于释放氯的速度缓慢，故作用持久。大量有机物存在时，药效不受影响。碱性条件下，杀菌力下降。
木馏油是一种酚和酚类衍生物的混合物，从木焦油分馏所得，主要含愈创木酚( Guaiacol，60%～90%)。在牙科使用，最初主要用于牙髓失活，由于它的消毒力比酚强2～3倍、比甲醛甲酚差，但刺激作用比甲醛甲酚小．并有镇痛作用，近来有人用其治疗急性冠周炎，疗效显著。
丁香油（酚）是酚类的衍生物，是丁香油的主要成分．含量在80%以上，药用品均为人工合成。丁香油（酚）具有酚类药物的作用特点，有轻度的抗菌防腐作用，也具有原生质毒作用．引起细胞蛋白沉淀。它也是一种镇痛剂。
碘化锌溶液、复方碘液均具有消毒作用。
